DNA repair pathway-related proteins are involved in the circularization step of microDNA eccDNAfib-L
Notice bibliographique
Résumé
A large number of extrachromosomal circular DNAs (eccDNAs) are found in eukaryotic cells, but the mechanism behind the formation of eccDNAs remains unknown. EccDNAs smaller than 1000 bp are commonly referred to as microDNAs. In a prior study, we identified a 542 bp microDNA, designated eccDNAfib-L, mapping to Chromosome 14: 9,692,083-9,692,624 nt in the silk gland of Bombyx mori. There is a direct short repeat “GAGT” at both 5′ and 3′ break points of eccDNAfib-L, but only one copy of “GAGT” is retained in eccDNAfib-L. Here, we find that the specific junction observed can also be detected by transfecting with a DNA fragment containing upstream sequences of the 5′ break point and downstream sequences of the 3′ break point of eccDNAfib-L. Additionally, the length of the flanking sequences and the direct short repeats “GAGT” affect the formation efficiency of eccDNAfib-L. We confirm that eccDNAfib-L formation is associated with DNA repair pathways, with the expression of eccDNAfib-L undergoing significant alterations following the silencing of genes related to DNA repair pathways. In vitro, a cell-free reaction system confirms that Polθ and the direct short repeat “GAGT” are essential for the circularization of eccDNAfib-L, and the DExH-box helicase domain of Polθ plays critical role in mediating this circularization process. Collectively, our data support a mechanism whereby Polθ can mediate the joining of linear DNA fragments with direct short repeat at the 5′ and 3′ ends to form a circular DNA through MMEJ. The results not only clarify the essential factors driving eccDNAfib-L formation but also complement previous reports on eccDNA formation. DNA repair pathways are involved in eccDNAfib-L formation. Specifically, Polθ’s DExH-box helicase domain and direct short repeat “GAGT” are essential for its MMEJ-mediated circularization, delineating key factors driving this microDNA’s biogenesis.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».