The role of placental DNA methylation in the pathogenesis of chronic intervillositis of unknown etiology
Notice bibliographique
Résumé
OBJECTIVES: Chronic intervillositis of unknown etiology (CIUE) is the pathological influx of maternal inflammatory cells into the intervillous space of the placenta without demonstrable cause. CIUE is associated with placental damage and increased risk of pregnancy loss, fetal demise, and growth restriction. The pathogenic mechanism is unclear, and we lack biomarkers for detection, and treatments to prevent recurrence. DNA methylation (DNAme) is a biomarker altered in association with many disease states. We hypothesized that CIUE may be associated with a distinct signature placental DNAme signature. METHODS: DNAme was profiled using the Illumina Infinium MethylationEPIC v2.0 array on fresh-frozen placental tissue. After quality control, data were available for 24 CIUE (14 high grade, 10 low grade) and 27 non-CIUE placental samples, plus six independent decidua samples. CIUE was confirmed and graded by a perinatal pathologist. Contamination was assessed using the 65 array genotyping probes, placental cell composition and epigenetic age were estimated. After processing, DNAme data were available at 855,732 CpGs. RESULTS: Several lines of evidence indicated maternal DNA in CIUE placentas. Genetic contamination metrics were higher in CIUE than non-CIUE cases. In XY samples, X chromosome copy number increased with CIUE grade, suggesting XX contaminating DNA. Principal components analysis placed CIUE samples closer to decidua along PC1 than non-CIUE samples, cell composition showed elevated Hofbauer cells, monocytes, and neutrophils in CIUE. Epigenetic age was higher in CIUE versus non-CIUE samples. Together, these findings suggested an increased concentration of non-self XX DNA in CIUE cases, likely originating from an adult, macrophage-rich source, suggesting a maternal origin. An epigenome-wide association study found that all significant differentially methylated loci associated with CIUE were attenuated after adjusting for cell composition. CONCLUSIONS: Our results illustrate that placental DNAme patterns in CIUE reflect signatures of maternal infiltration rather than intrinsic DNAme alterations. This study also highlights the value of integrating the diverse molecular data outputs of DNAme arrays to explore the presence of maternal cells in placental tissue.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».