Crosstalk between the Ino80 complex and TOR signaling drives fungal adaptation to hypoxia through chromatin remodeling
Notice bibliographique
Résumé
Abstract In the human host, the opportunistic yeast Candida albicans must adapts to niches that vary markedly in oxygen tension, ranging from the hypoxic gastrointestinal and vaginal tracts to more oxygen-rich niches such as the skin. Thriving across this spectrum requires the capacity to dynamically rewire core metabolic pathways in response to fluctuating oxygen levels. Yet, despite the central role of oxygen in shaping fungal metabolism and fitness, the genetic basis underlying hypoxic adaptation in C. albicans remains incompletely understood. Here, we performed a genetic screen to identify genes required for adaptation to hypoxia (5% O 2 ). This comprehensive approach revealed numerous genes spanning diverse metabolic and stress-related functions that are essential for optimal growth under oxygen-limiting conditions. Notably, this study uncovers a previously unrecognized role for the TOR (Target of Rapamycin) signaling pathway and the chromatin-remodeling complex Ino80 in orchestrating the fungal adaptive response to hypoxia. Integration of ino80 mutant transcriptomic data with Ino80 DNA-binding and nucleosome-occupancy profiles under conditional INO80 depletion revealed that this chromatin remodeler regulates the cellular phosphate demand associated with hypoxic exposure. The similarity between chromatin accessibility changes following TOR1 and INO80 depletion further suggests that Ino80 acts in concert with the TOR pathway to support growth and maintain phosphate homeostasis under low-oxygen conditions. Collectively, these findings provide new insight into how nutrient and oxygen signaling converge on chromatin remodeling, offering a mechanistic framework for understanding the regulatory logic underlying hypoxic adaptation in pathogenic fungi. Importance Candida albicans is an opportunistic fungal pathogen that colonizes diverse host niches, many of which are oxygen-limited. Understanding how this organism adapts to hypoxia is critical for elucidating the mechanisms underpinning both commensalism and pathogenicity of this yeast. Here, we reveal that the TOR signaling pathway and the Ino80 chromatin-remodeling complex are key regulators of fungal growth under low-oxygen conditions. Our data show that Ino80 coordinates phosphate homeostasis during hypoxia and functions in concert with TOR to maintain chromatin accessibility and metabolic adaptation. Our results uncover how oxygen and nutrient cues converge on chromatin remodeling, providing a framework for understanding how C. albicans and other human-associated fungi modulate their physiology to thrive and evolve in diverse host environments.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».