Genome-wide association study dissection of candidate genes for fleece traits in Inner Mongolia cashmere goats based on whole-genome resequencing data
Notice bibliographique
Résumé
OBJECTIVE: Genome-wide association study (GWAS) and haplotype analysis were employed to identify molecular markers and candidate genes associated with fleece traits in Inner Mongolia cashmere goats (IMCGs). METHODS: GWASs using whole-genome resequencing data together with phenotypic data from 2,299 IMCGs, applying four models: mixed linear model, multiple locus mixed linear model, fixed and random model circulating probability unification, and Bayesian-information and linkage-disequilibrium iteratively nested keyway. We focused on the GWAS signals to conduct gene annotation and performed functional enrichment analyses to explore the biological processes underlying these signals. Additionally, haplotypes were constructed for the significant loci, and haplotype-phenotype association analyses were performed to identify molecular markers and candidate genes associated with these fleece traits in IMCGs. RESULTS: We identified 542 SNPs and 179 candidate genes linked to fleece traits through GWAS and gene annotation. Genes such as LAMA3, KCTD1, PTK7, FGFR3, LEF1, TAPT1, PTCH1, ELOVL6, and EVC have emerged as important candidates that may influence fleece traits. Furthermore, 11 haplotype blocks related to fleece traits were constructed, among which A1A1, C1C1, E2E2, F1F1, G1G1, H1H1 and K1K1 were identified as the superior haplotype combinations for fleece traits. These could serve as important molecular markers to improve the accuracy of early selection and the economic efficiency of breeding programs for fleece traits in IMCGs. CONCLUSION: This study successfully employed GWAS to identify key genetic loci significantly associated with the fleece traits of IMCGs. The genetic basis of these traits was revealed through additional gene annotation and haplotype analysis. The findings provide important theoretical and practical foundations for molecular breeding in IMCGs.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».