Synovial sarcoma reprograms transcription by GBAF activation of polycomb targets and loss of CBAF enhancers
Notice bibliographique
Résumé
Synovial sarcoma is a cancer driven by a fusion oncoprotein, SS18::SSX, that links SS18, a subunit of BAF-family chromatin remodeling complexes, to the carboxy terminus of SSX, which avidly binds nucleosomes with the histone post-translational modification H2AK119ub. Here, we show in mice that SS18::SSX expression redistributes non-canonical GBAF complexes broadly to promoters and distal enhancers marked by H2AK119ub, which causes developmental loci to lose H3K27me3 and become transcriptionally active. Canonical BAF containing SS18::SSX abandons its typical binding sites, is largely absent from H2AK119ub-marked sites, and instead distributes narrowly to transcription start sites with PBAF. Disruption of Arid1a or Arid1b (both CBAF-specific) retains synovial sarcoma character, while Smarcb1 (PBAF- and CBAF-specific) or Pbrm1 (PBAF-specific) disruption does not, although all accelerate SS18::SSX-driven tumorigenesis in mice. Thus, the synovial sarcomagenesis mechanism involves SS18::SSX reprogramming transcription positively through GBAF redistribution to activate polycomb-targeted developmental genes, and negatively by loss of normal CBAF localization and function.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».