Identification of food deprivation in salmonids using gill biomarkers
Notice bibliographique
Résumé
) may experience prolonged periods of food deprivation upon marine entry and during their first marine winter. We assessed the physiological and transcriptional consequences of food deprivation to discover and develop mRNA-based biomarkers for food deprivation in the gill of juvenile Chinook salmon. Gill and liver tissue were collected from juvenile Chinook salmon held at 16 or 8°C that were fed or food deprived for up to 56 days and during a 21-day refeeding period. Chinook salmon at 16 and 8°C were able to withstand food deprivation for periods of 35 and 56 days, respectively, with declines in body morphometrics, hepatosomatic index, insulin-like growth factor-1 and energy density observed in food-deprived individuals, followed by rapid recovery during refeeding. RNA-sequencing at the end of the food deprivation period revealed candidate biomarkers for food deprivation representing structural and functional components of the gill as well as metabolic processes like lipid storage and energy metabolism in the liver. Using the strongest 12 gill biomarkers paired with high-throughput qPCR and a random forest classification model, transcriptional signatures of food deprivation were detected within 14 to 28 days following food deprivation and persisted for at least 6 days following refeeding. These gill biomarkers can be non-lethally applied to wild juvenile salmon to answer long standing questions regarding food deprivation and the drivers of mortality during their early marine migration and overwintering.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».