Identification and Relative Quantification of Native and Proteolytically Generated Protein C-Termini from Complex Proteomes: C-Terminome Analysis
Notice bibliographique
Résumé
Proteome-wide analysis of protein C-termini has long been inaccessible, but is now enabled by a newly developed negative selection strategy we term C-terminomics. In this procedure, amine- and carboxyl groups of full-length proteins are chemically protected. After trypsin digestion, N-terminal and internal tryptic peptides - but not C-terminal peptides - posses newly formed, unprotected C-termini that are removed by coupling to the high-molecular-weight polymer poly-allylamine. Ultrafiltration separates the uncoupled, blocked C-terminal peptides that are subsequently analyzed by liquid chromatography-tandem mass spectrometry. On a proteome-wide scale, this strategy profiles native protein C-termini together with neo C-termini generated by endoproteolytic cleavage or processive C-terminal truncations ("ragging"). In bacterial proteomes, hundreds of protein C-termini were identified. Stable isotope labeling enables -quantitative comparison of protein C-termini and C-terminal processing in different samples. Using formaldehyde-based chemical labeling, this quantitative approach termed "carboxy-terminal amine-based isotope labeling of substrates (C-TAILS)" identified >100 cleavage sites of exogenously applied GluC protease in an Escherichia coli proteome. C-TAILS complements recently developed N-terminomic techniques for endoprotease substrate discovery and is essential for the characterization of carboxyprotease processing.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».