New Sequence of Strategies to Define Gene Transcriptional Territories in Lymphocytes: The Perforin Example (35.32)
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Distal regulatory regions control transcription by promoter interactions that are limited to a territory to avoid non-target genes. Few loci are defined with the scrutiny needed to fully understand how a territory is established, maintained and fenced off. Here we approach the human perforin gene (PRF1). First, we transferred an epigenetically silenced PRF1 within its chromosome into a rodent CTL cell line. Afterward PRF1 expression was turned on equivalently to the endogenous mouse gene without perturbing bordering genes. Ultra long-range DHS assays showed epigenetic remodeling during chromosome transfer and delineated a 150 kb territory with 16 DHS sites for PRF1. When a corresponding BAC was introduced into the CTL, transgene expression proceeded with locus control region activity dependent on 4 distal DHS sites that also protected PRF1 from transcriptional perturbations by bordering genes. Finally, differentiation of transgenic ES cells showed the area contained all regulatory domains required for developmentally appropriate PRF1 expression during in vitro lymphopoiesis. Thus, we defined a new sequence of strategies that reliably characterizes autonomous transcriptional territories in lymphocytes.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».