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Enregistrement W55569293

Elysia Chlorotica: A Novel System for the Elucidation of Horizontal Gene Transfer, Invertebrate Developmental Biology and Secondary Metabolites

2008· article· en· W55569293 sur OpenAlexaboutno aff
Jared M. Worful

Notice bibliographique

RevueDigitalCommons (California Polytechnic State University) · 2008
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueBiological Research and Disease Studies
Établissements canadiensnon disponible
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésBiologyDevelopmental biologyHorizontal gene transferGene transferInvertebrateGeneEvolutionary biologyGeneticsEcologyPhylogenetics
DOInon disponible

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Investigations of new and unusual organisms serve as an opportunity to discover novel biochemical and evolutionary adaptations. Elysia chlorotica is a sacoglossan mollusc (sea slug) which represents a biologically intriguing and scientifically relevant research opportunity. Early studies on Elysia sp. led to the discovery of functional algal (Vaucheria litorea) chloroplasts (kleptoplasts) within the cells lining the digestive track of this unusual organism. The endosymbiotic association between the kleptoplasts and the sea slug has evolved into an obligate, but not hereditary association. Despite the semiautonomous nature of chloroplasts and the absence of any algal nucleo-cytosol in the sea slug, the kleptoplasts remain functional for months providing reduced carbon to the animal from photosynthetic carbon fixation (as if it were a plant). The mystery that surrounds an animal that looks and lives like a plant, has spurred questions from young and old alike. This study sought to remove part of the mystery related to the source of algal nuclear genes encoding essential chloroplast proteins in the sea slug. Here we report the presence of and expression of the algal nuclear gene psbO in E. chlorotica. This work helps set the foundation for the possibility of extensive horizontal gene transfer (HGT) between two very distantly related multi-cellular eukaryotes. Sequencing of an E. chlorotica EST library using 454 GS-FLX technology has provided a reference base of transcribed genes. Bioinformatic analysis has yielded a small set of genes which may have been transferred from a photosynthetic donor, been acquired by E. chlorotica, and targeted to the kleptoplasts within the sea slug. These findings reinforce the necessity for sequencing the E. chlorotica genome to verify putative HGT targets, study the mechanism(s) of integration and expression of the foreign genes, and aid in the characterization of the EST library. A laboratory culturing strategy for E. chlorotica was developed enabling the study of the developmental biology of the association as well as the possibility to examine the mechanisms involved in establishing and maintaining functional kleptoplasty. The increased availability of animals represents an avenue of expanded research and teaching opportunities, and perhaps also a profitable enterprise for a willing entrepreneur. Along these lines, a feasibility study was completed showing that consumers are interested in purchasing cultured E. chlorotica and paying a nominal fee. Finally, Elysia sp. have been the target of secondary metabolite studies due to the presence of kahalalides which exhibit a variety of potent pharmaceutical effects. While E. chlorotica collected from Halifax, NS, was not found to contain any kahalalides in this study, it was shown to contain a known chemical, loliolide, which is a typical constituent of plants and results from the degradation of xanthins. Loliolide may serve as an insect repellent, germination inhibitor and a possible antimicrobial agent. Further studies will aid in the elucidation of the complex biology and evolutionary adaptations of E. chlorotica potentially leading to the evolution of inheritable photosynthesis in a metazoan. This unique organism will undoubtedly provide beneficial insight into new scientific concepts and potential commercial applications.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,001
Score d'incertitude au seuil0,003

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,001
Intégrité de la recherche0,0000,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,001

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,021
Tête enseignante GPT0,226
Écart entre enseignants0,205 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations1
Publié2008
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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