Using Chemical Genetics to Define Zipper‐Interacting Protein Kinase Signalling Events
Notice bibliographique
Résumé
Zipper‐interacting protein kinase (ZIPK) has emerged as an important regulator of apoptosis, cell motility and vascular smooth muscle (VSM) contraction. To identify the precise role of ZIPK in these processes, we set out to identify ZIPK substrates using a chemical‐genetic approach. Mutation of ZIPK at the conserved gatekeeper residue (L93G) within the ATP‐binding site was performed in order to develop cell‐based model systems for the analysis of ZIPK function. As proof of principle, kinetic analyses support the selectivity of analog‐sensitive kinase inhibitors (pyrazolo[3,5‐d]pyrimidine; PP1) for L93G‐ZIPK with minimal inhibitory potential observed for WT‐ZIPK or other VSM contractile kinases (ROK or MLCK). In this regard, the 1NM‐PP1 inhibitor (10 mM) provides maximal distinction of L93G‐ZIPK and WT‐ZIPK activities with essentially no off‐target effects. Moreover, the PP1 compounds have no effect on Ca2+‐dependent or Ca2+‐independent VSM contractions. These results are expected since the PP1 inhibitors have high specificity for the mutated kinase but minimal ‘off‐target’ effects on endogenous kinases. Although some novel off‐target effects of the analog‐sensitive kinase inhibitors were identified (i.e., able to inhibit ROK in vitro), we conclude that application of the chemical‐genetics approach with the L93G‐ZIPK and 1NM‐PP1 pairing will enable us to define the explicit actions of ZIPK. This submission is sponsored by Justin A. MacDonald, society affiliation member of ASBMB, jmacdo@ucalgary.ca Supported by the Heart & Stroke Foundation of Canada
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».