Characterization of the effects of biosynthetically incorporated tryptophan analogues in rat parvalbumin F102W and structure-function studies of tryptophanyl-tRNA synthetase.
Notice bibliographique
Résumé
Fluorescence spectroscopy of tryptophan residues is a valuable tool for dissecting the structure, function and dynamic behaviour of proteins. An important step in method development is the use of tryptophan analogues with unique photophysical properties that extend the utility of intrinsic protein fluorescence. Two difficulties limit the use of these analogues. Their structure, while similar to that of tryptophan, can perturb native protein structure resulting in misfolding or inactivity. There are also problems from an inability of tryptophanyl-tRNA synthetase (TrpRS) to use these analogues as a substrate in the tRNA charging reaction. The tryptophan residue in rat parvalbumin F102W is buried in the highly hydrophobic and conformationally restrained environment of the protein's core. Differences in hydrophobicity, size and hydrogen bonding capability of tryptophan analogues were expected to affect both the structure and stability of this protein once incorporated at position 102. All analogues were successfully incorporated. Incorporation of 5-hydroxytryptophan proved difficult and required an optimization of incubation temperature during induction. 7-azatryptophan and 5-hydroxytryptophan destabilized the protein while 4-fluorotryptophan, 5-fluorotryptophan and 6-fluorotryptophan stabilized the protein. Single tryptophan mutants of Bacillus stearothermophilis TrpRS showed large structural changes when forming the 4-fluorotryptophan-AMP intermediate. These changes were limited to the formation of the first intermediate. This is rationalized as a large global change occurring across both subunits that could affect substrate binding. H. sapien tryptophanyl-tRNA synthetase was expressed and found to be active when using tryptophan analogues as substrates. Differences in fluorescence properties of the intermediate suggest a unique environment at the active site.Dept. of Chemistry and Biochemistry. Paper copy at Leddy Library: Theses & Major Papers - Basement, West Bldg. / Call Number: Thesis2002 .A23. Source: Dissertation Abstracts International, Volume: 64-01, Section: B, page: 0183. Adviser: Arthur G. Szabo. Thesis (Ph.D.)--University of Windsor (Canada), 2002.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».