Modified Nucleosides Always Were: an Evolutionary Model
Notice bibliographique
Résumé
This chapter evaluates the distribution of modified nucleosides in certain RNA species of the three domains of life (archaea, bacteria, and eukaryotes). Fourteen modifications are present in all three domains and of these several are found at comparable positions in tRNAs . First, most of the conserved modified nucleosides are in or near the anticodon loop. There is strong phylogenetic evidence for the early appearance of modified nucleosides. The incorporation of modified nucleosides into nucleic acid polymers is quite plausible, and the use of a particular nucleoside may depend only on its concentration in the primordial soup. Again, considering the chemistry of nucleosides, it would seem that the moderately modified nucleosides would be present in the highest concentrations in the primordial soup along with the standard nucleosides. In parallel, the phylogenetic evidence suggests that some simple modified nucleosides existed at the point when the major organismal groups diverged. In the case of tRNAs, there is no evidence for present-day RNA guiding, although such a system could be imagined early in the evolution of replicating cells. The current evidence of the enzymes involved in RNA-guided modification leaves the door open to speculation that RNA has a greater role in this process than simply guiding modification.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,002 | 0,006 |
| Communication savante | 0,003 | 0,008 |
| Science ouverte | 0,002 | 0,002 |
| Intégrité de la recherche | 0,003 | 0,003 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,007 | 0,003 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».