Global changes in gene expression associated with plant pathogen tolerance
Notice bibliographique
Résumé
A plant can respond to the threat of a pathogen through resistance defenses or through tolerance. Resistance has been widely studied in many host pathogen systems but little is known about genetic changes which underlie a tolerant interaction; in many instances it is unclear if the pathogen is even detected. In this study we have used a recently developed model system for a tolerant tomato interaction with the fungal wilt pathogen, Verticillium dahliae . Amount of disease was estimated by a disease index and amount of pathogen by quantitative PCR. The objective was to use microarray technology to examine global changes in gene expression in a susceptible and tolerant interaction compared with uninoculated controls. The results indicate that genetic changes can be dramatically different and some genes that are strongly elevated in the susceptible interaction are actually down regulated in tolerance. Similar levels of fungal DNA and up regulation of many pathogenesis related genes in both interactions indicate the presence of fungus is clearly recognized by the plant but other changes correlate with the absence of symptoms in the tolerant interaction. For example, a gene encoding a known 14‐3‐3 regulatory protein and a number of genes normally affected by this protein are suppressed, including genes which may contribute to foliar necrosis and cell death in the susceptible interaction. This raises the possibility that the wilt symptoms, chlorosis and necrosis which are observed in the susceptible interaction are actually programmed to further limit the growth of the pathogen and protect the general tomato population. Supported by the Natural Sciences and Engineering Research Council of Canada.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».