Genomic Signatures of Within-Generation Selection in Coho Salmon (Oncorhynchus kisutch) under Enriched Hatchery-Rearing Practices and in the Wild
Notice bibliographique
Résumé
Salmonids occupy central roles in the ecological and human communities in which they occur. As such, many salmonid populations are heavily managed for conservation and to support their harvest. This often involves hatcheries, which typically use captured mature adults to produce fertilized eggs which are reared to the smolt life-history stage, with resultant smolts released into the wild. Despite a history of over 150 years of hatchery use, fundamental questions remain about the ecological and evolutionary impacts of hatcheries on released fish and on the wild populations released fish interact with. Chief among these questions is the role and impact of selection in hatchery fish compared to wild fish and if domesticating processes are inevitable. In this thesis, I present a detailed investigation of the population genomics of an integrated hatchery-wild coho salmon (Oncorhynchus kisutch) population subjected to long-term experimental rearing under conventional hatchery environments, and under enriched hatchery environments designed to mimic aspects of the wild environment in efforts to mitigate potential effects of hatchery rearing. Specifically, I investigated (1) if spatial genetic structuring occurs among wild fish in this system, (2) if selection is detectable for survival-at-sea and for survival across the lifecycle within a single generation, and (3) if such selection depends on the rearing environment fish experience in the hatchery. I additionally reviewed what is known about gene expression under domestication in salmonids. I found no evidence for spatial genetic structuring among wild fish, indicating the typical strategy of restricted sampling of wild fish for inclusion in the hatchery broodstock should not drive differentiation between hatchery and wild fish. I also found evidence for within-generation selection for both survival-at-sea and survival across the lifecycle, and most importantly, that these signatures of selection differed between hatchery fish reared under different environments. Notably, signatures of selection for fish reared under enriched environments were not more similar to those observed in wild fish, compared to conventionally reared fish, indicating work remains in designing hatchery environments that mimic those aspects of the wild environment required to produce wild-like fish, and with implications for captive rearing programs more broadly.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».