Development of non-invasive genomic tools for feral horses
Notice bibliographique
Résumé
The expansion of genomic technologies has uncovered profound insights into the physiology, etiology, demography, and treatment of disease in human and livestock populations alike. However, these advances have yet to be realized in wildlife due to the unique technical limitations inherent in these populations, including sample availability and quality. Concurrently, novel methods in genomics have been developed that are amenable for processing genetic samples obtained from wildlife. Specifically, target enrichment approaches have been developed that can amplify and genotype samples of low DNA mass, while genome imputation has been demonstrated as a viable approach for inferring missing genotype information at no incremental cost. Though these technologies may help bridge the gap between wildlife genetics and genomics, they have yet to be thoroughly validated in such populations. In this study, I tested a recently developed target enrichment approach, termed ‘Allegro Targeted Genotyping’ (ATG), as well as genome imputation in a population of free-living horses on Sable Island, Nova Scotia, Canada. For target enrichment, I evaluated the concordance between the output genotypes versus those obtained using standard genotyping approaches at the same set of genetic loci. I then determined the accuracy of genome imputation using existing genetic data from this population using different software as well as varying parameters including reference population size, initial genotype density and selection method for the initial genotypes. Genotypes from ATG were repeatable and concordant with standard genotyping panels, while imputation accuracy was generally high (>99%) and largely impacted by reference population size and initial density used for imputation. Both approaches proved successful and will help facilitate the study of population-wide genomics in Sable Island horses and may be generalizable to other wildlife study systems given further validation.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».