Phytobiomes and soil communities : assessing natural communities and the impact of anthropogenic change on plants, soils and their associated organisms
Notice bibliographique
Résumé
Biodiversity on Earth is under immense threat and we must increase our understanding across systems to help research, conserve, manage and protect biodiversity for its own sake and human livelihoods worldwide. This thesis examined plant and microbial biodiversity across scales in three study systems: study system 1, a growth chamber experiment; study system 2, a field experiment with experimental nitrogen deposition and open top chamber warming in clear-cuts (CC) and forests edges (FE) at the subplot and plot scale, in a research forest in Canada; and study system 3, data mining across ecosystems in the continental United States of America. This thesis aimed to assess phytobiomes, plant performance, associated phytobiome communities (prokaryotic, fungal, nematode), and relationships (organism-pH, cross-taxon) to quantify richness and stochasticity and to use richness and stochasticity theory for synthesis across systems and scales. In study system 1, soil refugia treatments (bare soil vs. soil amended with plant roots of Arctostaphylos uva-ursi, Calamagrostis rubescens, or Pseudotsuga menziesii) did not impact P. menziesii seedling performance, but nematode abundance increased and root and shoot mycobiome stochasticity differed. In study system 2, simulated nitrogen deposition did not impact planted tree seedlings and associated understory vascular plant cover and there was no nitrogen and warming interaction effect, but warming increased plant growth in clear-cuts and the microenvironment impacted growth in both clear-cuts and forest edges. Plant and nematode richness and stochasticity were higher in clear-cuts than forest edges, but prokaryotic and fungal communities showed no trend. Stochasticity, not richness, had organism-pH and cross-taxon associations. In study system 3, plant and prokaryotic richness showed a linear organism-pH relationship across forests, but across different ecosystems only plant variables had a unimodal relationship with pH. Overall, this thesis finds that stochasticity and richness tend to be positively correlated. Stochasticity relationships were more common than richness relationships. For plants, lower stochasticity related to lower richness, local disturbance increased stochasticity and high determinism appeared with different ecosystem comparisons. Plant and nematode communities showed similar trends. Fungal communities generally showed higher stochasticity.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».