Molecular epidemiology of hepatitis C virus infection among people who inject drugs
Notice bibliographique
Résumé
Background: While the factors associated with acquisition of hepatitis C virus (HCV) among people who inject drugs (PWID) are well described, an enhanced understanding of HCV transmission is required. Aims: The broad aim of this research was to investigate the molecular epidemiology of HCV infection among PWID. Specific aims included the evaluation of HCV genome sequencing in the literature; evaluation of the degree of variability in the design of HCV sequencing reactions; to investigate phylogenetic clustering of HCV and associated factors among participants in a prospective cohort of PWID in Vancouver, Canada; and to investigate whether HCV infection among younger injectors occurs as a result of few or many transmission events from older injectors to younger injectors among PWID in Vancouver, Canada. Methods: In Chapter Two, data from a systematic review of HCV genome sequencing in the literature were analysed, including production of a comprehensive database containing primers from each accepted manuscript. In Chapter Three, data from the Vancouver Injection Drug User Study (VIDUS) were analysed, using maximum likelihood phylogenetic and logistic regression methods. In Chapter Four, data from the VIDUS and At-Risk Youth Study (ARYS) were analysed, using Bayesian phylogenetic inference, compartmentalisation (Association Index) and logistic regression methods. Key Finding: From the review of HCV sequencing, there was great heterogeneity in the positioning of population sequencing amplicons in studies performed to date. Phylogenetic clustering was common in the VIDUS cohort of PWID in Vancouver, and was independently associated with recent HCV seroconversion, HIV co-infection, younger age and recent syringe borrowing. The combined analysis of VIDUS and ARYS demonstrates that HCV transmission among PWID is complex and multifaceted, with transmission occurring both between and within older and younger PWID. Conclusion: Standardisation of HCV sequencing methodologies will strengthen future HCV virological research and improve collaboration across HCV research disciplines. In the era of highly effective direct acting antivirals, targeted intervention and public health strategies will rely on evidence-based assessment of HCV transmission and acquisition to maximise outcomes. Further research should focus on the integration of phylogenetic, clinical, epidemiological and network analyses to best inform treatment as prevention and intervention studies.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,007 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,004 | 0,005 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».