The effects of biological crowders on the structure, diffusion, and conformational dynamics of α-synuclein
Notice bibliographique
Résumé
α-synuclein is an intrinsically disordered protein (IDP) whose spontaneous aggregation in presynaptic neuronal cells is a pathological hallmark of Lewy body formation and Parkinson’s disease. This aggregation process is likely affected by the crowded cellular environment. In this study, α-synuclein was studied in the presence of a synthetic crowder, Ficoll70, and biological crowders composed of lysed cells that better mimic the biocomplexity of the cellular environment. ¹⁵N-1H HSQC NMR results from freshly prepared samples show similar α-synuclein chemical shifts in non-crowded and all crowded conditions implying that its structure remains disordered in all conditions. Nevertheless, both HSQC NMR and fluorescence measurements indicate that, only in the cell lysate, α-synuclein forms aggregates at timescales of 48 hours. ¹⁵N-edited diffusion measurements indicated that all crowders slow down the IDP diffusivity; however, at high concentrations, α-synuclein diffuses faster in cell lysate than in Ficoll70, possibly due to additional soft (e.g. electrostatic or hydrophobic) interactions. ¹⁵N-edited relaxation measurements show that some residues are more mobile in cell lysate than in Ficoll70; the most strongly different rates are predominantly in hydrophobic residues. I thus examined cell lysates with reduced hydrophobicity and found higher relaxation rates (slower dynamics) in several α-synuclein residues. Taken together, these experiments suggest that while cell lysate does not substantially affect α-synuclein structure (HSQC spectra), it does affect chain dynamics (transverse relaxation rates) and translational motion (diffusion), and strongly affects aggregation over a timescale of days, in a manner that is different from either no crowder or an artificial crowder: soft hydrophobic interactions are implicated.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».