Lung proteome and metabolome endotype in HIV-associated obstructive lung disease
Notice bibliographique
Résumé
Purpose: Obstructive lung disease is increasingly common among persons with HIV in both smokers and non-smokers. We used aptamer proteomics to identify proteins and associated pathways in HIV-associated obstructive lung disease. Methods: Bronchoalveolar lavage fluid (BALF) samples from 26 persons living with HIV with obstructive lung disease were matched to persons living with HIV without obstructive lung disease based on age, smoking status, and antiretroviral treatment. 6,414 proteins were measured using SomaScan aptamer-based assay. We used sparse distance-weighted discrimination (sDWD) to test for a difference in protein expression and permutation tests to identify univariate associations between proteins and forced expiratory volume in 1s precent predicted (FEV1pp). Significant proteins were entered into a pathway overrepresentation analysis (ORA). We also constructed protein-driven endotypes using K-means clustering and performed ORA on the proteins that were significantly different between clusters. We compared protein-associated clusters to those obtained from BALF and plasma metabolomics data on the same patient cohort. Results: After filtering, we retained 3872 proteins for further analysis. Based on sDWD, protein expression was able to separate cases and controls. We found 575 proteins that were significantly correlated with FEV1pp after multiple comparisons adjustment. We identified two protein-driven endotypes, one of which was associated with poor lung function, and found that insulin and apoptosis pathways were differentially represented. We found similar clusters driven by metabolomics in BALF but not plasma. Conclusion: Protein expression differs in persons living with HIV with and without obstructive lung disease. We were not able to identify specific pathways differentially expressed among patients based on FEV1pp; however, we identified a unique protein endotype associated with insulin and apoptotic pathways.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».