Genetic Architecture Underlying Response to the Fungal Pathogen Dothistroma septosporum in Lodgepole Pine, Jack Pine, and Their Hybrids.
Notice bibliographique
Résumé
In recent decades, Dothistroma needle blight (DNB), a pine tree disease caused by the fungal pathogen Dothistroma septosporum, has severely damaged lodgepole pine (Pinus contorta Dougl. ex. Loud.) in British Columbia, Canada, and raised health concerns for jack pine (Pinus banksiana Lamb.). The pathogen has already shown signs of host shift eastward to the hybrid populations between lodgepole pine and jack pine (Pinus contorta × P. banksiana), and possibly into pure jack pine. However, we have little knowledge about mechanisms of resistance to D. septosporum, especially the underlying genetic basis of variation in pines. In this study, we conducted controlled inoculations to induce infection by D. septosporum and performed a genome-wide case-control association study with pooled sequencing (pool-seq) data to dissect the genetic architecture underlying response in lodgepole pine, jack pine, and their hybrids. We identified candidate genes associated with D. septosporum response in lodgepole pine and in hybrid samples. We also assessed genetic structure in hybrid populations and inferred how introgression may affect the distribution of genetic variation involved in D. septosporum response in the studied samples. These results can be used to develop genomic tools to evaluate DNB risk, guide forest management strategies, and potentially select for resistant genotypes.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».