Molecular phylogeny and biogeography of the aquatic dance fly subfamily Clinocerinae (Diptera: Empididae)
Notice bibliographique
Résumé
Supplementary Data for: Molecular phylogeny and biogeography of the aquatic dance fly subfamily Clinocerinae (Diptera: Empididae) Tanja Vojvoda Zeljko1, Martina Pavlek1, Emma Wahlberg2, Bradley J. Sinclair3, Marija Ivković4,* 1Ruđer Bošković Institute, Bijenička cesta 54, Zagreb, Croatia; 2Department of Zoology, Swedish Museum of Natural History, Stockholm, Sweden; 3Canadian National Collection of Insects and Canadian Food Inspection Agency, Ottawa, Canada; 4Division of Zoology, Department of Biology, Faculty of Science, University of Zagreb, Zagreb, Croatia *Correspondence: Marija Ivković, Division of Zoology, Department of Biology, Faculty of Science, University of Zagreb, Horvatovac 102A, 10000 Zagreb, Croatia. E-mail: marija.ivkovic@biol.pmf.hr This dataset is provided to enable replication of the phylogenetic analysis presented in the research article “Molecular phylogeny and biogeography of the aquatic dance fly subfamily Clinocerinae (Diptera: Empididae)” 1. Content and Description for the files used in the maximum – likelihood analysis: AlignmentFile.phy: This file contains the concatenated nucleotide sequences used in the study. Command_IqTree.txt: A text file detailing the commands executed in IQ-TREE for reproducing the phylogenetic analysis. Input_For_Partitions.txt: Contains information used to define partitions in the phylogenetic analysis, corresponding to different codon positions. Note.txt: Supplementary comments regarding the analysis or dataset. Partitions.txt.best_scheme.nex: Nexus file containing the best partitioning scheme as determined by ModelFinder within IQ-TREE, specifying how the dataset was divided into subsets for phylogenetic analysis. Partitions.txt.best_scheme.nex.best_model.nex: Nexus file detailing the best-fit evolutionary model for each partition identified by ModelFinder. Partitions.txt.best_scheme.nex.log: Log file documenting the progress and results of the IQ-TREE execution. Partitions.txt.best_scheme.nex.treefile: The final tree file produced by IQ-TREE, representing the best-scoring maximum likelihood phylogenetic tree. 2. Content and Description for the files used in the Bayesian inference analysis: Clinocer_alignm.nex - This file contains the concatenated nucleotide alignment used for Bayesian phylogenetic analysis with MrBayes. The file can be used to load it into MrBayes to initiate the Bayesian inference analysis. MrBayesRun0.pbs – a PBS script used to submit MrBayes analysis job to a high-performance computing cluster using the PBS queuing system. It includes a simple command for loading necessary modules, executing MrBayes, and specifying computational resources. Clinocer_alignm.con.tre - The final tree file produced by MrBayes
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,011 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,002 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,007 | 0,015 |
| Études des sciences et des technologies | 0,002 | 0,000 |
| Communication savante | 0,002 | 0,002 |
| Science ouverte | 0,003 | 0,002 |
| Intégrité de la recherche | 0,002 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,491 | 0,153 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».