Notice bibliographique
Résumé
This minor release adds Genin2, updates Clair3 and fixes Nextclade consolidated output to use the correct Nextclade dataset tag/version. Changes feat: add Genin2 for European clade 2.3.4.4b H5Nx genotype prediction to the illumina, nanopore and assemblies workflows (i.e. --platform illumina/nanopore/assemblies). update: update Clair3 to 1.1.2 to fix a potential issue when using the --enable_variant_calling_at_sequence_head_and_tail option (#116) fix: Nextclade dataset tag/version used in consolidated tabular output file. dev: add run-assemblies-test.sh and update run-*-test.sh scripts in tests/. Better default --outdir for each test script and downloading of VADR model prior to running workflow to allow sharing of model tar.gz between different tests. What's Changed Add Genin2, fix Nextclade dataset tag, update Clair3 by @peterk87 in https://github.com/CFIA-NCFAD/nf-flu/pull/117 Release 3.10.0 by @peterk87 in https://github.com/CFIA-NCFAD/nf-flu/pull/118 Full Changelog: https://github.com/CFIA-NCFAD/nf-flu/compare/3.9.0...3.10.0
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,005 | 0,015 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,004 | 0,005 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,003 | 0,004 |
| Bibliométrie | 0,003 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,003 | 0,001 |
| Communication savante | 0,006 | 0,006 |
| Science ouverte | 0,009 | 0,006 |
| Intégrité de la recherche | 0,004 | 0,007 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,261 | 0,475 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».