Transcriptomic responses in human intestinal cells (Caco-2, HIEC-6) exposed to dietary nanoparticles
Notice bibliographique
Résumé
Use of nanoparticles (NPs) in the food industry raises health concerns particularly in the gastrointestinal system. Assessing dietary NPs remains challenged due the vast number of products and the resource-intensive nature of traditional toxicity testing. Recent advancements in high-throughput transcriptomics, coupled with benchmark dose (BMD) analysis are poised to modernize chemical safety assessments. The objective of this study was to derive transcriptomic point of departure (tPOD) values for common dietary NPs through dose-response analysis of 3’ RNA-sequencing data. Two intestinal cell lines (Caco-2, HIEC-6) were exposed to 9 forms of Ag, SiO2, and TiO2 (including Food Grade and Non-Food Grade particles, as well as Nanoparticles and Microparticles), and expression of L1000 landmark genes was characterized using the QIAseq UPX 3’ targeted RNA panel kit catalog number 333041 / CSHS-10608Z-990. Each transcript in each well of the RT plate was labeled with a unique molecular index (UMI) for each cDNA molecule, and samples in a given microplate well were labeled with a cell ID. Library quality control assays were performed with the seven prepared libraries and subsequently sequenced on an Illumina NextSeq500. This dataset provides the gene expression values for this study after they were demultiplexed according to the various indexes used (i.e., cell ID and UMI) by the GeneGlobe analysis hub (https://geneglobe.qiagen.com/) to yield UMI count matrices. These RNAseq data are in one spreadsheet. The data were next analyzed for transcriptomics points of departure using www.FastBMD.ca, and these data are provided in a separate zip file (1 file per chemical tested)
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».