VaspGibbs: A simple way to obtain Gibbs free energy from Vasp calculations
Notice bibliographique
Résumé
VaspGibbs A simple way to get Gibbs free energy from Vasp calculations Installation pip install vaspgibbs Latest version: 0.2.0 (beta) Usage In a folder with a finished vasp calculation, run vasp_gibbs vasp_gibbs will rerun Vasp to obtain vibration modes and output the gibbs free energy of your system. Use -o (only) or -t(top) to specify a set of atoms for which to calculate vibration modes. Examples: -o C O would only compute vibration modes associated with C and O keeping all other atoms fixed. -o 1 3 6 would compute vibration modes associated with the first, third and sixth atoms in the POSCAR keeping all other atoms fixed. -t 10 would compute vibration modes associated with the first 10 atoms starting from the top of the unit cell along the c axis. This can be useful when computing free energy differences between systems where one part of the system does not change, e.g. adsorption free energies. To run vasp in parallel call: vasp_gibbs -n [number of proc] -m [mpi executable] -v [vasp executable] By default srun and vasp_std are used. VaspGibbs will automatically compute the moment of inertia and symmetry of your molecule and compute rotational and translational contributions if you specify that the system is a molecule with the -m flag. The temperature and pressure can be set using the -T and -P flags. Output All outputs can be found in the VaspGibbs.md file. It contains the following information: Rotational properties Property Value Sigma x P. axes I~1 x eV/THz^2 I~2 x eV/THz^2 I~3 x eV/THz^2 Energy corrections Type Z E (eV) S (eV/K) F (eV) ZPE N/A x N/A N/A Electronic x x x x Vibrational x x x x Rotational x x x x Translational x x x x Thermodynamic Quantities Quantity Value Enthalpy x eV Entropy x eV/K Gibbs Free Energy x eV G - E_dft x eV TS x eV Online Ressources https://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/jp407468t (Supporting Information) https://gaussian.com/thermo/ https://wiki.fysik.dtu.dk/ase/ase/thermochemistry/thermochemistry.html https://chem.libretexts.org/Bookshelves/Physical_and_Theoretical_Chemistry_Textbook_Maps/Statistical_Thermodynamics_(Jeschke)/06%3A_Partition_Functions_of_Gases/6.04%3A_Rotational_Partition_Function https://vaspkit.com/tutorials.html#thermo-energy-correction https://uregina.ca/~eastalla/entropy.pdf (https://doi.org/10.1063/1.473958) Under development Results have been checked with J. Phys. Chem. C 2013, 117, 49. More validation needs to be done; use with care. Next steps: more testing, add to pypi, PV term for solids with Murnaghan equation, hindered translator and rotor?
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,007 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,004 | 0,004 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,004 | 0,004 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,002 | 0,001 |
| Communication savante | 0,004 | 0,005 |
| Science ouverte | 0,010 | 0,004 |
| Intégrité de la recherche | 0,004 | 0,009 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,354 | 0,141 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».