Additional file 2 of tRF3008A suppresses the progression and metastasis of colorectal cancer by destabilizing FOXK1 in an AGO-dependent manner
Notice bibliographique
Résumé
Additional file 2: Figure S1. Genome-wide profiling of tRFs in colorectal cancer. (A) Summary of the tRFs number which expressed in both of two groups and the tRFs number specifically expressed in one group. (B) RT-qPCR to validate the differential expression of top 3 differentially expressed tRFs in 10 pairs of CRC and adjacent non-tumorous tissues. (C) The expression level of tRNAVal and tRF3008A in 7 CRC cell lines and human colon epithelial cell line using northern blot. (D) The expression level of tRNAVal and tRF3008A in various groups using northern blot. Statistical significance is measured using a Student’s t test.**: P < 0.01, ***: P < 0.001. Figure S2. tRF3008A inhibits colorectal cancer growth and migration in vitro: HCT116 cells were transfected with scrambled tRF mimetic control or tRF3008A mimetic, and HT29 cells were transfected with scrambled LNA control or tRF3008A-LNA. (A) Line graph showing the quantification of relative Edu incorporation in different groups. (B) Active caspase-3 was analyzed by immunostaining (red). (C) qRT-PCR was performed to validate the expression of tRF3008A in subcutaneous tumors. (D&E) The TUNEL assay for apoptosis detection in subcutaneously implanted tumors with different tRF3008A expression levels. Data are presented as the means ± S.D. Statistical significance is measured using a Student’s t test. *: P < 0.05, **: P < 0.01, **: P < 0.01. Figure S3. (A&B). qPCR was performed to evaluate the expression correlation between tRF3008A and its potential targets (DDA1 and HOXC13) in CRC tissues. (n = 45); Spearman’s rank correlation test was used. Figure S4. tRF3008A inhibits the growth and EMT of CRC cells through the FOXK1/Wnt pathway. HCT116 were co-transfected with tRF3008A mimetic and sh-FOXK1 or co-treated with Wnt pathway activator (Wnt agonist 1); HT29 cells were co-transfected with tRF3008A-LNA and OE-FOXK1 or co-treated with Wnt pathway inhibitor (IWR-1-endo). (A) qPCR was performed to evaluate the related mRNA levels of Wnt/β-Catenin signaling molecules (C-Jun、c-Myc and CCND1). (B) Active caspase-3 was analyzed by immunostaining (red). (C & D) Cell migration and invasion abilities were evaluated by transwell migration and matrigel invasion assay. Data were represented as means ± SD from at least three independent experiments. *: P < 0.05, **: P < 0.01, ***: P < 0.001. Figure S5. tRF3008A modulates FOXK1 in an AGO-dependent manner. tRF3008A affinity purification Mass spectrometry assay was performed: (A). The ThermoFisher Scientific 1200 liquid phase system and Q Exactive mass spectrometer were used for the analysis and identification of the samples, the quality spectrum results showed that there was a mass spectrum peak. (B) STRINGdb protein-protein interaction analysis in tRF3008A related proteins.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,016 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,002 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,003 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,002 | 0,002 |
| Science ouverte | 0,002 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,002 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,865 | 0,156 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».