Additional file 2 of AMPK hyperactivation promotes dendrite retraction, synaptic loss, and neuronal dysfunction in glaucoma
Notice bibliographique
Résumé
Additional file 2: Supplementary Figure 1. (A) The number of YFP-positive RGC does not change at 2 weeks of ocular hypertension (OHT) relative to non-injured controls (Student’s t-test, n.s.: not significant, N = 5 mice/group). (B) Real-time qPCR analysis confirms that retinal YFP gene expression does not change within 2 weeks of OHT damage (Student’s t-test, n.s.: not significant, N = 5 mice/group). (C-E) RGC co-expressing YFP and SMI-32 are selected for dendritic arbor imaging and 3D reconstruction. Supplementary Figure 2. Analysis of whole-mounted retinas immunolabeled with an antibody recognizing pAMPKThr172 revealed a substantial increase of AMPK activity in RGC axons, visualized with SMI-32, at two weeks after glaucoma induction. Scale bars = 25 μm. Supplementary Figure 3. (A, B) Retinal imaging showed no fluorescein extravasation in eyes injected with compound C or vehicle. (C) In contrast, marked fluorescein extravasation was found in ischemic retinas subjected to central retinal artery ligature. (D), a procedure known to compromise the BRB [31] and used as positive control (Fig. S3C). (D, E) T cell infiltration, visualized with markers the MHCII, MPO and CD45, was not detected in retinas treated with compound C or vehicle. (F) Ischemic retinas, used as positive controls, display cells positive for MHCII, MPO and CD45. (Q) Quantification of cells expressing MHCII, MPO and CD45 confirm lack of cellular infiltrates in compound c-treated retinas. (ANOVA with Tukey’s multiple comparison post-hoc test, * = p<0.05, N = 3 mice/group). Scale bars = 10 μm. Values are expressed as the mean ± S.E.M. Supplementary Figure 4. (A) Intravitreal delivery of non-targeting (scrambled) Cy3-tagged control siRNA (siCTL-Cy3) results in rapid uptake by neurons in the ganglion cell layer (GCL), (B-D) identified as RBPMS-positive RGC (B, inset in A) as early as 3 h after injection. Scale bars (A) = 20 μm, (B-D) = 20 μm. OPL: Outer Plexiform Layer, INL: Inner Nuclear Layer, IPL: Inner Plexiform Layer. Supplementary Figure 5. (A) In the inner nuclear layer (INL), pS6Ser240/244 co-localizes with the calcium-binding protein calbindin, a marker of horizontal cells. (B) pS6Ser240/244 expression in horizontal cells remains unchanged after OHT induction (Student’s t-test, n.s.: not significant, N = 5 mice/group). (C, D) Immunohistochemical analysis of PSD95 and VGLUT1 shows no appreciable change in excitatory synapses in sham retinas treated with siAMPK and vehicle or rapamycin (ANOVA with Tukey’s multiple comparison post-hoc test, n.s. = not significant, N = 3 mice/group). (E) The total area of sham-operated versus glaucomatous retinas is similar, ruling out changes caused by ocular hypertension (Student’s t-test, n.s = not significant, N = 5–6 mice/group). Scale bars (A) = 20 μm, (C) = 10 μm. Values are expressed as the mean ± S.E.M. IPL: Inner Plexiform Layer, GCL: Ganglion Cell Layer. Supplementary Figure 6. (A) Immunohistochemistry of optic nerve head (ONH) cross-sections shows that although Iba1-positive cells and GFAP increase with high intraocular pressure, siAMPK treatment did not alter this response relative to control siRNA (siCTL). (B) Quantification of Iba1-positive cells and GFAP fluorescence confirmed that siAMPK does not have a significant effect on the number of Iba1-positive cells or GFAP reactivity (ANOVA with Tukey’s multiple comparison post-hoc test, * = p<0.05, ** = p<0.01, N = 3 mice/group). Scale bars = 50 μm. Values are expressed as the mean ± S.E.M.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,024 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,002 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,003 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,003 | 0,002 |
| Science ouverte | 0,002 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,002 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,912 | 0,194 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».