Additional file 3 of A community-driven resource for genomic epidemiology and antimicrobial resistance prediction of Neisseria gonorrhoeae at Pathogenwatch
Notice bibliographique
Résumé
Additional file 3: Figure S1. Main Pathogenwatch layout. Figure S2. Combination of Pathogenwatch collections. Figure S3. Genome reports and cgMLST cluster view. Figure S4. Mapping of short reads from WHO U to the reference genome assembly. Figure S5. Minimum inhibitory concentration values for azithromycin in N. gonorrhoeae isolates with different combinations of antimicrobial resistance genetic mechanisms. Figure S6. Minimum inhibitory concentration values for ceftriaxone in N. gonorrhoeae isolates with different combinations of antimicrobial resistance genetic mechanisms. Figure S7. Minimum inhibitory concentration values for cefixime in N. gonorrhoeae isolates with different combinations of antimicrobial resistance genetic mechanisms. Figure S8. Minimum inhibitory concentration values for ciprofloxacin in N. gonorrhoeae isolates with different combinations of antimicrobial resistance genetic mechanisms. Figure S9. Minimum inhibitory concentration values for tetracycline in N. gonorrhoeae isolates with different combinations of antimicrobial resistance genetic mechanisms. Figure S10. Minimum inhibitory concentration values for benzylpenicillin in N. gonorrhoeae isolates with different combinations of antimicrobial resistance genetic mechanisms. Figure S11. Consistency of major N. gonorrhoeae population lineages and clusters observed in scientific publications with the Pathogenwatch phylogenetic trees. Figure S12. Geographical distribution of public N. gonorrhoeae genomes in Pathogenwatch.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,019 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,002 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,003 | 0,004 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,003 | 0,003 |
| Science ouverte | 0,003 | 0,002 |
| Intégrité de la recherche | 0,002 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,782 | 0,222 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».