Additional file 1 of Prognostic significance of SOCS1 and SOCS3 tumor suppressors and oncogenic signaling pathway genes in hepatocellular carcinoma
Notice bibliographique
Résumé
Additional file 1: Figure S1. Workflow of this study. Figure S2. Expression of oncogenic signaling pathway genes that synergize with SOCS1 or SOCS3 in predicting prognosis by the Cox proportional harzards model in the murine models. DAB2 and CXCL8 synergize with SOCS1 or SOCS3 in predicting prognosis by the Cox proportional harzards model (shown in Table 2). As the CXCL8 (IL-8) gene is not present in the mouse, we examined the genes coding for mouse chemokines KC (Cxcl1), MIP-2 (Cxcl2) and LIX (Cxcl2), which are considered the functional equivalent of human CXCL8 in promoting neutrophil migration.(A) Partial hepatectomy was carried out on 8–10 weeks old mice lacking Socs1 or Socs3 in hepatocytes and control mice. The expression of the indicated genes in the regenerating livers was evaluated 24 h later by qRT-PCR. n = 4–6 mice per group. (B) Mice lacking Socs1 or Socs3 in hepatocytes and control mice were treated with DEN (25 mg/kg body weight) at 2 weeks of age and livers collected at 8–10 months of age. Tumor nodules and adjacent normal liver tissues were resected and expression of the indicated genes was evaluated by qRT-PCR. n = 4–6 mice per group. p-values were calculated by one-way ANOVA along with Tukey’s Multiple Comparison test: * p < 0.0001. Table S1. List of qRT-PCR primers used in this study. Table S2. Impact of the expression of oncogenic pathway genes on survival probability in the TCGA-LIHC dataset. Table S3. Combinations of high SOCS1 or high SOCS3 and oncogenic signalling pathway genes that show significant prognosis in the Cox proportional hazard model.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,033 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,002 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,003 | 0,004 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,002 | 0,002 |
| Science ouverte | 0,002 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,860 | 0,121 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».