Additional file 2 of Association of germline genetic variants with breast cancer-specific survival in patient subgroups defined by clinic-pathological variables related to tumor biology and type of systemic treatment
Notice bibliographique
Résumé
Additional file 2: Supplementary Methods, Supplementary Table S5, Supplementary Table S6, Supplementary Table S7, Supplementary Figure S1, Supplementary Figure S2, Supplementary Figure S3, Supplementary Figure S4, Supplementary Figure S5, Supplementary Figure S6, Supplementary Figure S7, Supplementary Figure S8, Supplementary Figure S9, Supplementary Figure S10, Supplementary Figure S11, Supplementary Figure S12. The Supplementary methods section includes details about: multiple imputation of missing data; power calculations. Supplementary Table S5. Shows an overview of number of breast cancer patients, breast cancer deaths and follow-up information by subgroup and endpoint. Supplementary Table S6. Shows a list of imputed variables with corresponding percentage of missing values, imputation method and processing. Supplementary Table S7. Shows an overview of the GWAS significant associations (P < 5 E-08) and noteworthy (BFDP< 0.15) associations from the unadjusted 15-year and 5-year breast cancer-specific survival analyses by subgroup. Supplementary Figure S1. Shows the Q-Q plots of the meta-analysis results of all variants for 15-year breast cancer-specific survival. Supplementary Figure S2. Shows the Q-Q plots of the meta-analysis results of all variants for 5-year breast cancer-specific survival. Supplementary Figure S3. Shows the Q-Q plots of the meta-analysis results for 15-year breast cancer-specific survival and the corresponding genome inflation factors by minor allele frequency. Supplementary Figure S4. Shows the Q-Q plots of the meta-analysis results for 5-year breast cancer-specific survival and the corresponding genome inflation factors by minor allele frequency. Supplementary Figure S5. Shows the regional plots of genome-wide significant (P < 5E-08) independent associated variants from the 15-year and 5-year genome-wide breast cancer-specific survival analyses. Supplementary Figure S6. Shows the regional plots of noteworthy (BFDP< 0.15), non-genome-wide significant (P > 5E-08) variants from the 15-year and 5-year genome-wide breast cancer-specific survival analyses. Supplementary Figure S7 shows the unadjusted association of variant rs5934618 with 15-year breast cancer-specific survival by tumor grade and in all breast cancer patients. Supplementary Figure S8. Shows the functional annotation and position of variants rs5934618, rs4830644, rs3810742, rs4830642, and rs72611496 relative to TBL1X. Supplementary Figure S9. Shows Kaplan-Meier distant metastasis-free survival plots (based on KMPlotter data) for high versus low expression level of gene TBL1X by tumor grade. Supplementary Figure S10. Shows the association of genetic variants with TBL1X expression, based on GTEx v8 data on samples of normal breast tissue from 396 individuals (male and female). Supplementary Figure S11. Shows a Kaplan-Meier distant metastasis-free survival plot for high versus low expression level of gene GRIP2, restricted to patients with an ER- tumor who received chemotherapy (based on KMPlotter data). Supplementary Figure S12. Shows a Kaplan-Meier distant metastasis-free survival plot for high versus low expression level of gene ARAP2, restricted to patients with an ER- tumor who received chemotherapy (based on KMPlotter data).
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,035 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,002 | 0,002 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,003 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,002 | 0,002 |
| Science ouverte | 0,002 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,002 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,878 | 0,130 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».