Additional file 1 of Engineering Escherichia coli for the utilization of ethylene glycol
Notice bibliographique
Résumé
Additional file 1: Figure S1. The effect of microaerobic (oxygen-limiting) conditions on glycolate production, as predicted by modeling at different substrate uptake rates (SUR) and non-growth associated ATP maintenance (NGA ATPM) values. (A) SUR of 5 mmol/gDW·h and default NGA ATPM value (8.39 mmol/gDW·h.). (B) SUR of 0.7 mmol/gDW·h and NGA ATPM value of 4.8 mmol/gDW·h. (C) SUR of 0.7 mmol/gDW·h and NGA ATPM value of 3.2 mmol/gDW·h. (D) SUR of 0.7 mmol/gDW·h and NGA ATPM value of 1.6 mmol/gDW·h. In each case, flux balance analysis (FBA) was used to predict the glycolate yield (mol glycolate/mol EG), cell growth rate (gDW/gDW·h), respiratory quotient (RQ, mol CO2/mol O2) and the substrate specific productivity (SSP, g glycolate/g EG·h) over a range of oxygen uptake rates (OURs, mmol O2/gDW·h). All values other than the SSP are shown on the primary vertical axis. An RQ value of 0.4 (shown by the dotted black line) was selected for the RQ-based strategy employed in the final bioreactor experiment. The molar yield (mol glycolate/mol EG) predicted at this RQ value is indicated for each case.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,011 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,002 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,003 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,002 | 0,002 |
| Science ouverte | 0,002 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,782 | 0,142 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».