Additional file 3 of De novo assembly of the olive fruit fly (Bactrocera oleae) genome with linked-reads and long-read technologies minimizes gaps and provides exceptional Y chromosome assembly
Notice bibliographique
Résumé
Additional file 3: Figure S1. Schematic of the method used to generate the main assembly reported. Figure S2. Genome size and heterozygosity estimation. Figure S3. Contig length at different Nx values for assemblies in Supplementary Table S3. Figure S4. Contiguity plot generated using Quast. Figure S5. Contig length at different Nx values for assemblies in Supplementary Table S4. Figure S6. Plot showing Y chromosome scaffolds/contigs identified in 3 different assemblies (Supplementary Table S4). Figure S7. Total length of scaffolds that were localized to each polytene chromosome and XY chromosomes. Figure S8. Alignment rates of RNA-seq reads from 12 different Bactrocera oleae datasets (see Supplementary Table S9). Figure S9. Complete Basic Universal Single Copy Orthologs (BUSCOs) identified in genome assemblies (Supplementary Table S3). Figure S10. Schematic of the PiRATE pipeline. Figure S11. Histogram of transcripts read lengths. Figure S12. Percentage of Arthropoda Basic Universal Single Copy Orthologs (BUSCOs) captured in 19 arthropod transcriptomes. Figure S13. Number of JAMg predicted B. oleae genes located on the scaffolds assigned to polytene element. Figure S14. Gene ontology (GO) classification of B. oleae JAMg predicted proteins. Figure S15. Detailed orthogroup distribution. Figure S16. Hierarchical clustering of 1100 most variable genes among the 4 metamorphotic stages. Figure S17. Most significantly enriched gene ontology (GO) terms among genes that only peak during development. Figure S18. Contig length at different Nx values for assemblies of selected insects.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,008 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,002 | 0,002 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,003 |
| Études des sciences et des technologies | 0,002 | 0,000 |
| Communication savante | 0,002 | 0,002 |
| Science ouverte | 0,003 | 0,002 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,737 | 0,176 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».