Additional file 1 of Microbiota and functional analyses of nitrogen-fixing bacteria in root-knot nematode parasitism of plants
Notice bibliographique
Résumé
Additional file 1: Table S1. Experimental design and basic sequencing statistics for samples collected from five plant species. Table S3. Experimental design and basic sequencing statistics for samples collected from tomato plants at different growth stages. Table S9. Experimental design and basic traits for samples collected from tomato plants amended with different nitrogen sources. Table S11. Experimental design and basic sequencing statistics from metaproteomic analyses. Figure S1. Order-level community comparison and OTU-based hierarchical clustering analysis of healthy and nematode parasitized samples in five plant species. Figure S2. Unconstrained PCoA (for principal coordinates PCo1 and PCo2) with Bray–Curtis distance showing the root-associated bacteria of healthy and parasitized samples, for each plant species. Figure S3. The composition and relative abundance of major bacterial orders of the tomato root-associated microbiota at different developmental stages. Figure S4. Pairwise analysis for the variation of root-associated microbiota over time at different growth and RKN parasitism stages in tomato. Figure S5. The shared OTUs number and taxonomic composition of the depleted and enriched OUTs in the parasitized root samples (IRH and IRK) comparing with healthy roots (HRC).
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,013 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,002 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,004 |
| Études des sciences et des technologies | 0,002 | 0,000 |
| Communication savante | 0,002 | 0,002 |
| Science ouverte | 0,002 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,820 | 0,179 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».