Additional file 2 of Meta-analysis of six dairy cattle breeds reveals biologically relevant candidate genes for mastitis resistance
Notice bibliographique
Résumé
Additional file 2: Figure S1. The allele frequency check of each summary statistics. The allele frequency check of each summary statistics with 1000 bull genome project reference population. The x-axis indicated the allele frequency of the reference panel, the y-axis indicated the allele frequency of the same allele in the examined population. The order are: AgVic somatic cell score for Holstein bulls, AgVic somatic cell score for Holstein cows, AgVic somatic cell score for Jersey bulls, AgVic somatic cell score for Jersey cows, AU clinic mastitis for Holstein bulls, AU clinic mastitis for Jersey bulls, LUKE clinic mastitis for Red bulls, AU somatic cell score for Holstein bulls, AU somatic cell score for Jersey bulls, LUKE somatic cell score for Red bulls, ETH clinic mastitis for Brown Swiss cows, ETH clinic mastitis for Brown Swiss bulls, ETH somatic cell score for Brown Swiss cows, ETH somatic cell score for Brown Swiss bulls, INRAE clinic mastitis for Holstein bulls, INRAE clinic mastitis for Montbeliarde bulls, INRAE clinic mastitis for Normande bulls, INRAE somatic cell score for Holstein bulls, INRAE somatic cell score for Montbeliarde bulls, INRAE somatic cell score for Normande bulls, FBN somatic cell score for Holstein bulls, WUR somatic cell score for Holstein bulls. Figure S2. Lambda-N plot to reveal issues with population stratification. The orange line indicates the optimal λGC = 1.Dots are all below 1.1 indicated no population with inflation. Figure S3. P-Z plot to reveal analytical issues with beta, standard error and P-values. The filtered dataset showing perfect concordance. The order are: AU clinic mastitis for Holstein bulls, AU clinic mastitis for Jersey bulls, LUKE clinic mastitis for Red bulls, ETH clinic mastitis for Brown Swiss cows, ETH clinic mastitis for Brown Swiss bulls, INRAE clinic mastitis for Holstein bulls, INRAE clinic mastitis for Montbeliarde bulls, INRAE clinic mastitis for Normande bulls, AgVic somatic cell score for Holstein bulls, AgVic somatic cell score for Holstein cows, AgVic somatic cell score for Jersey bulls, AgVic somatic cell score for Jersey cows, AU somatic cell score for Holstein bulls, AU somatic cell score for Jersey bulls, LUKE somatic cell score for Red bulls, ETH somatic cell score for Brown Swiss cows, ETH somatic cell score for Brown Swiss bulls,, INRAE somatic cell score for Holstein bulls, INRAE somatic cell score for Montbeliarde bulls, INRAE somatic cell score for Normande bulls, FBN somatic cell score for Holstein bulls, WUR somatic cell score for Holstein bulls. Figure S4. Manhattan plot for meta-analysis of clinic mastitis using METAL software. The red horizontal line indicates the genome-wide significance level [− log10(p) = 8.5]. Figure S5. Manhattan plot for meta-analysis of somatic cell score using METAL software. The red horizontal line indicates the genome-wide significance level [− log10(p) = 8.5]. Figure S6. The copy numbers of the GC copy number variant (CNV) in Nordic Holstein animals (123 bulls). The x-axis is the copy number inferred from the fold-change for the CNV depth relative to other regions of the same chromosome. The y-axis is the number of animals with that copy number. Figure S7. Manhattan plot for meta-analysis of somatic cell score (MR-MEGA_SCS) in the current study and US dataset for the selected chromosomes. The red horizontal line indicates the genome-wide significance level [− log10(p) = 8.5 and -log10(p) = -8.5]. Results from current study are plotted as -log10(p) values in the y-axis, while the US GWAS results as log10(p) values.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,003 | 0,042 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,003 | 0,004 |
| Bibliométrie | 0,003 | 0,005 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,002 | 0,002 |
| Science ouverte | 0,003 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,002 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,671 | 0,036 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».