Additional file 1 of A unique effector secreted by Pseudozyma flocculosa mediates its biocontrol activity
Notice bibliographique
Résumé
Additional file 1: Fig. S1. In vitro digestion of Pf2826 from Pseudozyma flocculosa using the ribonucleoprotein complex. A. Diagram of crRNA-173 binding site in the coding region of Pf2826. sign indicates the orientation of target strand. B. Agarose gels after electrophoresis show in vitro digestion at 37 °C for 2 hours of Pf2826 amplicons with or without sgRNA complexed with Cas9 protein. Fig. S2. Detection of successful CRISPR-Cas9 transformants using HRM analysis. Region surrounding the sgRNAbinding site were amplified from Cas9 transformants and wild type Pseudozyma flocculosa. Amplicons were subjected to high resolution melting curve analysis and difference curves displaying the difference in fluorescence were generated using Mic-qPCR software. The experiment is based on two technical replicates and repeated twice with similar results. Fig. S3. Confirmation of gene editing event. Coding sequence of Pf2826 was amplified from wild type Pseudozyma flocculosa and two positive transformants selected based on HRM analysis were sequenced. A. Pairwise chromatogram alignment of wild type, Pf2826AX and Pf282659X strains showing a single base deletion upstream to the PAM sequence in the mutant Pf2826AX. In the mutant Pf282659X, 59 bases were deleted around the sgRNA binding site. B. Pairwise protein sequence alignment of Pf2826 in wild type and mutant strains. Frame shift mutation caused by the single base deletion and 59 bases deletion has resulted in premature termination of translation. Fig. S4. Functional analysis of 79 candidate proteins interacting with Pf2826 from Pseudozyma flocculosa. Gene Ontology term annotation analysis of 79 potential interactors of Pf2826 was performed using Blast2GO. The proteins were annotated for molecular functions, cellular components, and biological process. The distributions are shown in percentage.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,016 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,002 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,003 |
| Études des sciences et des technologies | 0,002 | 0,000 |
| Communication savante | 0,003 | 0,002 |
| Science ouverte | 0,003 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,002 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,858 | 0,210 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».