Additional file 1 of Contaminants from dredged sediments alter the transcriptome of Manila clam and induce shifts in microbiota composition
Notice bibliographique
Résumé
Additional file 1: Table S1. Organic matter content and grain-size distribution in sediments collected from the six sampling sites (one replicate for each site). Table S2. Chemical analyses of metals and organic contaminants in sediments (one replicate for each site). Table S3. Bioaccumulation of metals (mg/kg dw; Table A) and organic pollutants (Table B) in clams before exposure (T0) and at the end of sediment exposure (Day 14) (one replicate for each site). Table S4. Pairwise Adonis values on Unweighted and Weighted Unifrac distances at different time-points (Table A) and among different sites for each time-point (Table B). Data collected from a total of 10 biological replicates for each site/sampling time were considered. Figure S1. Pearson’s correlation between the coordinates along the first component of variation of the sediment’s PCA and of the gene expression’s PCA. Figure S2. Principal Coordinate Analysis (PcoA) plot using Unweighted and Weighted UniFrac dissimilarities (ASV level) of the digestive gland and sediment microbiota. Data collected from a total of 10 biological replicates for each site/sampling time were considered. Figure S3. DESeq2 results by collection date. Data collected from a total of 10 biological replicates for each site/sampling time were considered. Figure S4. Alpha diversity in Manila clam microbiota and sediments. Figure S5. Barplot representing the number of unique ASVs for each bacteria Phylum in group I and group II, A and B respectively. Figure S6. Changes in relative abundance of the significant ASVs for the two groups and for every site considered: Site I (A); Site II (B,C); Site III (D,E); Site IV (F,G); Site V (H,I); Site VI (L,M). Green and Red lines identify ASVs belonging to group I and II, respectively.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,012 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,002 | 0,002 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,004 |
| Études des sciences et des technologies | 0,002 | 0,001 |
| Communication savante | 0,002 | 0,002 |
| Science ouverte | 0,003 | 0,002 |
| Intégrité de la recherche | 0,002 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,832 | 0,133 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».