Additional file 1 of Identifying pleiotropic variants and candidate genes for fertility and reproduction traits in Holstein cattle via association studies based on imputed whole-genome sequence genotypes
Notice bibliographique
Résumé
Additional file 1: TableS1. Position distribution and minor allele frequencies of SNPs that passed thegenotype quality control; Table S2. Distribution of significant SNPs of single-traitGWAS; Table S3. Numbers of quantitative trait loci revealed by single-traitGWAS and their overlapping among traits; Table S4. The previously reported andreproduction-associated QTL for the significant SNPs revealed by multiple-traitanalysis of six heifer traits; Table S5. The previously reported andreproduction-associated QTL for the significant SNPs revealed by multiple-traitanalysis of nine cow traits; Table S6. The previously reported andreproduction-associated QTL for the significant SNPs revealed by multiple-traitanalysis of four sire traits; Table S7. Significant SNPs and candidate genesfrom multiple-trait analysis of 14 heifers and cows’ traits; Table S8. Thepreviously reported and reproduction-associated QTL for the significant SNPsrevealed by multiple-trait analysis of 14 heifer and cow traits; Table S9. Thesignificantly enriched GO terms and KEGG from multiple-trait analysis of 18heifers, cows, sire traits; Table S10. Significant SNPs and candidate genesfrom multiple-trait analysis of 18 heifers, cows, sire traits; Table S11. Thepreviously reported and reproduction-associated QTL for the significant SNPsrevealed by multiple-trait analysis of 18 heifer, cow, and sire traits; Figure S1. Manhattan plots (left) and Quantile-quantile plots (right) of thesingle-trait GWAS results based on imputed WGS data; Figure S2. Numbers of significant SNPs foreach trait category and their overlaps found by multiple-trait analysis. Figure S3. Significantly enrichedbiological functions of candidate genes revealed by multiple-trait analysis. Figure S4. Potential protein-protein interaction among biologically relevantgenes that were identified for heifer, cow, and sire traits in this study.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,017 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,002 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,003 | 0,004 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,002 | 0,002 |
| Science ouverte | 0,002 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,002 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,811 | 0,097 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».