Additional file 2 of Monocyte, neutrophil, and whole blood transcriptome dynamics following ischemic stroke
Notice bibliographique
Résumé
Additional file 2: Supplemental Figure 1. Percentage of DEGs classified per biotype. For every time point and comparison between time points, the percentage of biotype categories for DEGs are shown in the bar plots and corresponding table for (A) monocytes, (B) neutrophils and (C) whole blood. Ig: immunoglobulin; TcR: T-cell receptor; TEC: To be Experimentally Confirmed. Supplemental Figure 2. Predicted upstream regulators for monocytes. (A) Venn diagram represents all upstream regulators predicted at 0-24 h, 24-48 h, and >48 h (Fisher’s p-value<0.05). (B) Top over-represented regulators common to all time points (Fisher’s p-value<0.05). (C) Top over-represented regulators that are specific for each time point (Fisher’s p-value<0.05). Up arrows indicate predicted significant activation (z ≥ 2) or down arrow - significant inhibition (z ≤ −2). White cells indicate no direction can be predicted. (*= Benjamini-Hochberg corrected p-value<0.05). R: receptor; N.R: nuclear receptor. Supplemental Figure 3. Predicted upstream regulators for neutrophils. (A) Venn diagram represents all upstream regulators predicted at 0-24 h, 24-48 h, and >48 h (Fisher’s p-value<0.05). (B) Top over-represented regulators shared at all time points (Fisher’s p-value<0.05). (C) Top over-represented regulators that are specific for each time point (Fisher’s p-value<0.05). Up arrows indicate predicted significant activation (z ≥ 2) or down arrow - significant inhibition (z ≤ −2). White cells indicate no direction can be predicted. (*= Benjamini-Hochberg corrected p-value<0.05). R: receptor; endo: endogenous; reg: regulator. Supplemental Figure 4. Predicted upstream regulators for whole blood. (A) Venn diagram represents all upstream regulators predicted at 0-24 h, 24-48 h, and >48 h (Fisher’s p-value<0.05). (B) Only 2 predicted regulators (Fisher’s p-value<0.05) are shared for the 3 time points. (C) Top over-represented regulators that are specific for each time point (Fisher’s p-value<0.05). Up arrows indicate predicted significant activation (z ≥ 2) or down arrow - significant inhibition (z ≤ −2). White cells indicate no direction can be predicted. R: receptor; reg: regulator; endo: endogenous. Supplemental Figure 5. tPA administration is not associated with differential expression. A) Characteristics of the five cases where tPA was administered. Principal Component Analyses (PCA) using the DEGs from the time points 0-24 and >24 h in LV and SV strokes in B) monocytes, C) neutrophils, and D) whole blood samples. Cases where tPA was administered are colored in orange. Supplemental Figure 6. Co-expression network construction. WGCNA Soft-thresholding power scale free topology fit (left panel) and mean connectivity (right panel) plots for all genes analyzed in (A) monocytes, (B) neutrophils and (C) whole blood. Reference lines are at 0.8 (red) and 0.9 (green) on the left panels and at 100 (red) and 200 (green) on the right panels. Supplemental Figure 7. Workflow of the study. Monocytes and neutrophils were isolated by flow cytometry (scatter plots adapted in part from Carmona-Mora et al. [18]. RNA-seq from the isolated cell samples and whole blood was used for two parallel approaches: differential expression and co-expression networks. For the first one, patients were split into time point groups and self-organizing maps were constructed with the differentially expressed genes. For the construction of co-expression networks, time was considered as a continuous variable.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,009 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,002 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,003 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,002 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,002 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,002 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,780 | 0,141 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».