Additional file 1 of A novel distribution of supergene genotypes is present in the socially polymorphic ant Formica neoclara
Notice bibliographique
Résumé
Additional file 1: FigureS1. A Results of GEMMA analysis utilizing workers from colonies fromall regions, visualized via Manhattan plot. We used a linear mixed model withcolony social form as the independent variable. Each point represents anindividual SNP, with the corresponding chromosome on the x-axis and thenegative logarithm of the SNP p-value on the y-axis. Only one SNP, from chromosome 3, exceeds the significance level (Bonferroni corrected significance threshold: 1.52E−04;p-value: 7.26E−06). B Results of GEMMA analysis onworkers from colonies in Alberta only, to reduce the effect of underlyingpopulation structure on the GWAS, visualized via Manhattan plot. We used alinear mixed model with colony social form as the independent variable. Eachpoint represents an individual SNP, with the corresponding chromosome on thex-axis and the negative logarithm of the SNP p-value on the y-axis. Five SNPs,all from chromosome 3, are above the significance threshold (Bonferroni corrected significance threshold: 1.89E−04; p-values: 7.79E−07, three at 4.43E−07, and 3.79E−07). Figure S2. Stacked bar plot displaying genotypes of samples from colonies labeled as ambiguous in social form (three from Alberta, one from southern British Columbia). Each bar represents all samples from an individual colony. Genotype in relation to each individual worker, is indicated by color: green = Sm/Sm andbrown = Sm/Sp. Figure S3. Line graph showing the effects of missingness on the Huang estimator. Individual (red) and whole sample (black) relatedness values are represented as lines. Figure S4. Density plot showing pairwise relatedness (determined by PolyRelatedness) among all sequencedworkers of colonies from the Evan Thomas trailhead in Alberta, Canada. On average, workers from monogyne colonies are the most related, whereas intermediate colonies (“ambiguous” in Fig. 1) have a bimodal distribution offull siblings and individuals with intermediate relatedness values, andpolygyne colonies have the lowest overall pairwise relatedness. Figure S5. A principal component analysis utilizing all markers except those on chromosome 3 in individuals fromcolony samples, with the year of the respective batches color coded. Table S1. Overview of consensus social form variables. Table S2. Sampling regions and their associated coordinate values. Table S3. PC axis weightings of variants on chromosome 3 (see also Fig. 2). Weightings greater than 1 or less than − 1 are highlighted in grey for each PC axis. The outliers from GWAS analyses are highlighted in green (Alberta only) and orange (GWAS of the full dataset).
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,014 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,003 |
| Études des sciences et des technologies | 0,002 | 0,000 |
| Communication savante | 0,002 | 0,002 |
| Science ouverte | 0,002 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,002 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,794 | 0,113 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».