Overview of metabolomics data from the EcoToxChip 2016 Large Scale Applied Research Project (LSARP). Document version 1.0
Notice bibliographique
Résumé
As part of the EcoToxChip project (2016-2023; www.ecotoxchip.ca), studies were conducted with three standard lab species used worldwide in testing (fathead minnow, Xenopus laevis, Japanese quail) and three native species of Commercial, Recreational and Aboriginal concern in Canada (rainbow trout, double-crested cormorant, northern leopard frog) in which early life stage (ELS) and/or adults of each species were exposed to eight chemicals of environmental concern (ethinylestradiol, benzo[a]pyrene, chlorpyrifos, fluoxetine, lead(II)nitrate, trenbolone, seleno-L-methionine, hexabromocyclododecane). From these exposures, targeted metabolomics analyses were performed to help increase understanding of biological responses and mechanisms of action. Such data were used to help guide the selection of the most relevant genes to be included on the EcoToxChips. All metabolomics analyses were carried out at SGS-AXYS’s dedicated metabolomics facilities utilizing multiple LC-MS/MS systems. All data were analyzed using MetaboAnalyst. Alongside this introductory report, all raw data files are included.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,006 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,002 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,005 | 0,008 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,003 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,003 | 0,002 |
| Intégrité de la recherche | 0,002 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,054 | 0,067 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».