Additional file 2 of Kinetic characterization of annotated glycolytic enzymes present in cellulose-fermenting Clostridium thermocellum suggests different metabolic roles
Notice bibliographique
Résumé
Additional file 2. FMichaelis–Menten kinetics of Pfp generated using SigmaPlot® 11.2 with data used to generate kinetic parameters and Pfp competitive assay. Figure S3. Activity of Pfp versus varied F6P concentration predicts a relatively low Km of 0.075 mM for F6P, but high Vmax, while PPi(2 mM) is used as a phosphate donor. Table S1. Data used to generate kinetics parameters for Pfp utilizing F6P + PPi in this study, Table 2. Figure S4. S7P is the substrate under investigation which is observed to have high Km of 3.236 and a much lower Vmax compared to assays with F6P. Table S2. Data used to generate kinetics parameters for Pfp utilizing S7P + PPi in this study, Table 2. Table S3. The rate of FBP production by Pfp at 45 °C was determined with F6P alone and in the presence of equimolar amounts of both F6P & S7P. There was approximately a 75% decrease in the rate of FBP production when both substrates were used in comparison to when F6P was the sole substrate, indicating that S7P could be competing for the active site. The velocity for the phosphorylation of solely S7P (2.12 mM) is also included in the figure for comparison to F6P (2 mM) phosphorylation. The production of Sedoheptulose-1,7-bisphosphate was confirmed by Mass Spectrometry
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,020 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,002 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,004 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,003 | 0,003 |
| Science ouverte | 0,002 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,002 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,809 | 0,190 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».