Proteomic analysis revealed the roles of YRR1 deletion in enhancing the vanillin resistance of Saccharomyces cerevisiae
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Background Vanillin is one of the important phenolic inhibitors in Saccharomyces cerevisiae for bioconversion of lignocellulosic materials and has been reported to inhibit the translation process in cells. In our previous studies, it was confirmed that the deletion of the transcription factor gene YRR1 enhanced vanillin resistance by promoting some translation-related processes at the transcription level. In this work, we investigated the effects of proteomic changes upon induction of vanillin stress and deletion of YRR1 to provide unique perspectives from a transcriptome analysis for comprehending the mechanisms of YRR1 deletion in the protective response of yeast to vanillin. Results In wild-type cells, vanillin reduced two dozens of ribosomal proteins contents while upregulated proteins involved in glycolysis, oxidative phosphorylation, and the pentose phosphate pathway in cells. The ratios of NADPH/NADP+ and NADH/NAD+ were increased when cells responded to vanillin stress. The differentially expressed proteins perturbed by YRR1 deletion were much more abundant than and showed no overlaps with transcriptome changes, indicating that Yrr1 affects the synthesis of certain proteins. Forty-eight of 112 upregulated proteins were involved in the stress response, translational and transcriptional regulation. YRR1 deletion increased the expression of HAA1-encoding transcriptional activator, TMA17-encoding proteasome assembly chaperone and MBF1-encoding coactivator at the protein level, as confirmed by ELISA. Cultivation data showed that the overexpression of HAA1 and TMA17 enhanced resistance to vanillin in S. cerevisiae. Conclusions Cells conserve energy by decreasing the content of ribosomal proteins, producing more energy and NAD(P)H for survival in response to vanillin stress. Yrr1 improved vanillin resistance by increasing the protein quantities of Haa1, Tma17 and Mbf1. These results showed the response of S. cerevisiae to vanillin and how YRR1 deletion increases vanillin resistance at the protein level. These findings may advance our knowledge of how YRR1 deletion protects yeast from vanillin stress and offer novel targets for genetic engineering of designing inhibitor-resistant ethanologenic yeast strains.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».