A Molecular\nDynamics Examination on Mutation-Induced\nCatalase Activity in Coral Allene Oxide Synthase
Notice bibliographique
Résumé
Coral\nallene oxide synthase (cAOS) catalyzes the formation of allene\noxides from fatty acid hydroperoxides. Interestingly, its active site\ndiffers from that of catalase by only a single residue yet is incapable\nof catalase activity. That is, it is unable to catalyze the decomposition\nof hydrogen peroxide to molecular oxygen and water. However, the single\nactive-site mutation T66V allows cAOS to exhibit catalase activity.\nWe have performed a series of molecular dynamics (MD) simulations\nin order to gain insights into the differences in substrate (8<i>R</i>-hydroperoxyeicosatetraenoic) and H<sub>2</sub>O<sub>2</sub> active site binding between wild-type cAOS and the T66V mutant cAOS.\nIt is observed that in wild-type cAOS the active site Thr66 residue\nconsistently forms a strong hydrogen-bonding interaction with H<sub>2</sub>O<sub>2</sub> (catalase substrate) and, importantly, with\nthe aid of His67 helps to pull H<sub>2</sub>O<sub>2</sub> away from\nthe heme Fe center. In contrast, in the T66V-cAOS mutant the H<sub>2</sub>O<sub>2</sub> is much closer to the heme’s Fe center\nand now forms a consistent Fe···O<sub>2</sub>H<sub>2</sub> interaction. In addition, the His67···H<sub>2</sub>O<sub>2</sub> distance shortens considerably, increasing the\nlikelihood of a Cpd I intermediate and hence exhibiting catalase activity.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,047 | 0,002 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; les deux têtes enseignantes s’accordent sur ce qui est montré ici.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».