No. 0 (16s): Raw 16S rRNA fastq data files for Bocas hypoxia study
Notice bibliographique
Résumé
This repository contains the RAW sequencing data for hypoxia study. Trimmed reads (with primers removed) are deposited at the European Nucleotide Archive, study accession number PRJEB36632 (ERP119845). Raw fastq data files are named using the root format RunQ_XYZ, where Q is the run number (1, or 2), X is the habitat type (Coral, Water, Sediment, Mat), YZ is the site (CC = Coral Cay; CR = Cayo Roldan), and in some cases a replicate number. So...Run01_CCR1_R2_001.fastq...corresponds to the reverse reads (R2) of a Cayo Roldan (CR) coral sample (C), replicate #1, Run 1. Raw fastq files are deposited here by Run.We used the PowerSoil® DNA Isolation Kit (MoBio) following the manufacturer's protocol to extract community DNA from each sample. Extracted DNA was sequenced on an Illumina MiSeq by Integrated Microbiome Resource at the Centre for Comparative Genomics and Evolutionary Bioinformatics (Dalhousie University). We targeted the V4-V5 hypervariable region using 515F (5′-GTGYCAGCMGCCGCGGTA) and 926R (5′-CCGYCAATTYMTTTRAGT). We collected 38 samples encompassing two sites and four habitat typesWe generated sequence data for all 38 samples. In the first run (Run01), all samples were sequenced and, due to lower than average yield, several were re-sequenced (Run02). This repo also contains the metadata files for submitting the trimmed data to the European Nucleotide Archive (ENA). Please do confuse this datasets with the dataset archived on the ENA (accession number PRJEB36632). In order to submit to the ENA, we had to first remove primers from the raw data and then upload the data along with these metadata files. The first publication concerns the water samples only. If you are interested in those samples only they are also available in the WATER_ONLY.zip file.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,004 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,002 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,005 | 0,007 |
| Études des sciences et des technologies | 0,002 | 0,001 |
| Communication savante | 0,002 | 0,002 |
| Science ouverte | 0,003 | 0,002 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,207 | 0,114 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».