Sequencing and Analysis of the Complete Genome of the Russian Cherry Virus A Isolate
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Virus diseases of stone fruit crops (Prunus spp.) reduce both fruit yield and quality and shorten the productive life of fruit trees. Cherry virus A (CVA, genus Capillovirus, family Betaflexiviridae) is one of the most common among more than 50 known viruses affecting these crops. A sweet cherry (P. avium) tree of the cultivar Iput with virus-like rugosity symptoms on the leaves was found during a survey of stone fruit collections of the Tsitsin Main Botanical Garden of the Russian Academy of Sciences (Moscow). When studying the virome of this plant using high-throughput sequencing, reads related to CVA were generated, and the complete genome of a new isolate of this virus, named SwC14, was assembled. Typical of capilloviruses, the SwC14 genome contained two open reading frames encoding a viral replicase, a coat protein, and a movement protein. The SwC14 genome sequence was shown to be closest to the genomes of some Canadian sweet cherry CVA isolates (99.4% identity) and 81.4–95.0% identical to isolates from other stone fruit species and other regions of the world, including previously characterized Crimean isolate PTC (82.0% identity). CVA was also detected in six of the seven other symptomless cherry cultivars examined by RT-PCR. This is the first report of a divergent CVA isolate in Central Russia, which expands information on the geographical distribution and genetic diversity of the virus.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,002 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».