Immunity of the ocular surface: gene expression of cells collected from the healthy ocular surface
Notice bibliographique
Résumé
Purpose The ocular surface varies during the day. Several studies have reported the diurnal changes in the ocular surface epithelial mitosis rate, shedding rate, the concentration of some tear film proteins and ocular surface physiology. However, changes in gene expression that occur in conjunction with these daily changes have not been previously investigated. This study aimed to determine if there is diurnal variation in gene expression in normal healthy conjunctival cells. Methods Two swabs (morning and evening) were collected on the same day from the bulbar conjunctiva of four healthy participants. The morning and evening swab samples were collected from one eye of each subject, with five hours or more gap between the two samples. RNA was isolated with the Single Cell RNA Purification Kit (Norgen Biotek, Thorold, Ontario, Canada) and analysed using RNA sequencing (RNA-Seq). Additionally, the expression patterns of three upregulated genes in the morning and three upregulated genes in the evening were validated in an independent population of six participants using RT-PCR. Results In total, 121 genes were differentially expressed and identified between the morning and evening samples. There were 94 upregulated genes in the morning and 27 upregulated genes in the evening. Many upregulated genes in the morning were associated with gene expression regulation, cell turnover, ocular surface defence, and limbal stem cell function. In contrast, the upregulated genes in the evening were involved in mucin production. Six genes were selected for RT-PCR confirmation of their changes in expression using the RNA seq and this demonstrated that CIART was the only gene confirmed to be significantly upregulated in the morning. Conclusions This study has found that the conjunctival gene expression changes during the day. The findings from this pilot study need to be confirmed with a larger sample size study. Knowledge of the daily rhythms of conjunctival gene expression highlights the regulatory mechanisms of the healthy ocular surface and provides a baseline for studying variations during eye disease.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».