Data from: Stability and phylogenetic correlation in gut microbiota: lessons from ants and apes
Notice bibliographique
Résumé
Correlation between gut microbiota and host phylogeny could reflect codiversification over shared evolutionary history or a selective environment that is more similar in related hosts. These alternatives imply substantial differences in the relationship between host and symbiont, but can they be distinguished based on patterns in the community data themselves? We explored patterns of phylogenetic correlation in the distribution of gut bacteria among species of turtle ants (genus Cephalotes), which host a dense gut microbial community. We used 16S rRNA pyrosequencing from 25 Cephalotes species to show that their gut community is remarkably stable, from the colony to the genus level. Despite this overall similarity, the existing differences among species' microbiota significantly correlated with host phylogeny. We introduced a novel analytical technique to test whether these phylogenetic correlations are derived from recent bacterial evolution, as would be expected in the case of codiversification, or from broader shifts more likely to reflect environmental filters imposed by factors such as diet or habitat. We also tested this technique on a published data set of ape microbiota, confirming earlier results while revealing previously undescribed patterns of phylogenetic correlation. Our results indicated a high degree of partner fidelity in the Cephalotes microbiota, suggesting that vertical transmission of the entire community could play an important role in the evolution and maintenance of the association. As additional comparative microbiota data become available, the techniques presented here can be used to explore trends in the evolution of host-associated microbial communities.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,007 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».