Concatenated DNA matrix and BEAST tree used for phylogenetic, dating, biogeographic and diversification analyses of Caribbean Podocarpus
Notice bibliographique
Résumé
Aim The Progression Rule, that older lineages inhabit older islands and colonize newer ones as they emerge, has seldom been tested in the Caribbean due to its geological complexity. Here we use the conifer genus Podocarpus to explore this hypothesis. We infer the evolutionary history, biogeography, and diversification rates of this genus under a hypothesis testing framework. Location The Caribbean archipelago (Antilles) Methods We present the most comprehensive sampling for Caribbean Podocarpus to date in a Bayesian dated phylogenetic tree using a genotyping by sequencing DNA matrix of 67,589 bp. We inferred ancestral ranges and inter-island divergence patterns using several models available. We explored diversification rates associated with island colonization, and checked for diversification rate shifts in the phylogeny. Results Caribbean Podocarpus is the result of colonization from the Andes during the Eocene to Oligocene (ca. 45-31 Ma). Lesser Antillean species originated during the Oligocene from the Andes or the Greater Antilles, depending on the model of choice. Vicariance can explain the divergence of Cuban and Hispaniolan species, with subsequent dispersals into Jamaica. Despite the availability of new habitat opportunities, which might promote cladogenesis, insular Podocarpus did not show higher diversification rates than continental taxa. Main conclusions The conditions for progression rule were not met because colonization of younger islands (Lesser Antilles) occurred from the continent, or because suitable habitat in the partially emerged younger islands was likely present at the time older islands (Greater Antilles) were colonized. An improved paleogeographic knowledge of the Caribbean will allow testing this hypothesis in multiple lineages. Our finding that diversification rates did not increase with island colonization might be common in other Caribbean lineages. Genotyping by sequencing proved promising to reveal complex historical assembly processes of vicariance and dispersal at a fine phylogenetic scale.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,007 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,004 | 0,004 |
| Études des sciences et des technologies | 0,002 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,011 | 0,003 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».