Data from: An integrative approach to delimiting species in a rare but widespread mycoheterotrophic orchid.
Notice bibliographique
Résumé
In the spirit of recent calls for species delimitation studies to become more pluralistic, incorporating multiple sources of evidence, we adopted an integrative, phylogeographic approach to delimiting species and evolutionarily significant units (ESU) in the Corallorhiza striata species complex. This rare, North American, mycoheterotrophic orchid has been a taxonomic challenge with regard to species boundaries, displaying complex patterns of variation and reduced vegetative morphology. We employed plastid DNA, nuclear DNA, and morphometrics, treating the C. striata complex as a case study for integrative species delimitation. We found evidence for differentiation of the endangered C. bentleyi (eastern USA) + C. striata var. involuta (Mexico) from the remaining C. striata (= C. striata s.s.; USA, Canada, Mexico). Corallorhiza striata involuta and C. bentleyi, disjunct by thousands of kilometers (Mexico-Appalachia), were genetically identical but morphologically distinct. In light of these findings, the C. striata complex represents three species: C. bentleyi, C. involuta, and a widespread C. striata s.s under the phylogenetic species concept. Bayesian coalescent estimation delimited four species, but more informative loci and a definitive species tree will be needed to place higher confidence in future analyses. Three groupings were identified within C. striata s.s., corresponding to C. striata striata, C. striata vreelandii, and Californian accessions, but these were not delimited as phylogenetic species. Each, however, comprises an ESU, based on morphology and DNA sequences from two genomes, warranting conservation considerations.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,003 | 0,009 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,005 | 0,006 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,002 | 0,002 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,003 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,007 | 0,003 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».