Patterns of genetic diversity and structure in Pressodonta viridis, Slippershell Mussel, in streams of the U.S. Midwest - data
Notice bibliographique
Résumé
Data derived from restriction-site associated (RAD) sequencing of Pressodonta viridis (Slippershell Mussel) of the U.S. Midwest. Included is the VCF file, R script/metadata file, and river distances calculated for isolation-by-distance models. All files used for downstream analyses found in the manuscript. ABSTRACT: Pressodonta viridis (Bivalvia: Unionida) is a species of freshwater mussel considered rare and imperiled in 14 U.S. states and Ontario, Canada. Limited population-level genetic information is available for P. viridis despite the species’ imperilment status. We used 13,661 single nucleotide polymorphisms (SNPs) derived from double digest restriction site-associated sequencing (ddRAD-seq) to examine patterns in population genetic diversity, structure, and differentiation among P. viridis populations in the Upper Mississippi River, Ohio and Wabash rivers, and Great Lakes watersheds. Structure analyses revealed significant differentiation related to major drainage among groups of P. viridis populations. Evidence of founder effects in Great Lakes populations by colonization routes from Upper Mississippi River and Ohio/Wabash River systems was found in admixture analyses. Limited evidence of isolation-by-distance effects was found, suggesting that multiple colonization routes and glacial refugia are responsible for current P. viridis genetic structure. A combination of ancient river hydrological patterns and more recent headwater stream capture events following the last glacial retreat likely correspond to considerable admixture found among populations of P. viridis in the Upper Mississippi, Wabash, and Ohio Rivers. Population genetic variation, structure, and differentiation described in this study should be used to inform conservation efforts of P. viridis in the future, particularly if recovery actions include population augmentation from translocations or hatchery propagation.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».