Temporal establishment of the colon microbiota in Angus calves from birth to post-weaning
Notice bibliographique
Résumé
During the peri- and early post-partum period, the gastrointestinal tract (GIT) of the calf is colonised by a combination of commensal and pathogenic microbes. Current understanding of the temporal microbial establishment of neonatal colon is, however, limited. This study focused on the ontogeny of colon microbiota establishment in Angus Beef calves from birth through weaning. Colon digesta contents were collected from Aberdeen Angus calves reared on two farms. Calves were euthanized at birth (n=7), day (D) 7 (n=7), D14 (n=6), D21 (n=7), D28 (n=6), and D96 (n=7) of life. Microbial DNA was extracted from colon samples and subjected to 16S rRNA amplicon sequencing. The effect of time on alpha (GLM procedure of SAS; 9.4) and beta (PERMANOVA) diversity of the colon microbiota was assessed with age and farm included as fixed effects. Differential abundance (Maaslin2) analyses were conducted with the same fixed effects. The alpha-diversity of the bacterial community progressed from birth onwards (D0 H’ mean = 0.59 and D96 H’ mean = 5.33) with apparent stabilisation between D14 v D21 (P=0.21). Weaning had a further statistically significant effect on the diversity of the colon microbiota (D28 v D96; P <0.001). Similarly, PERMANOVA analysis indicated stabilised colonisation of the colon microbiota from D14 to D21 (P=0.22), albeit weaning altered the colon microbiota (D28 v D96; P <0.001). This study is amongst the first to describe the ontogeny of colonisation of the colon microbiota, from birth to weaning in beef calves and provides fundamental information to support the establishment of beneficial microbes in the lower GIT of ruminants.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».